2009年H1N1甲型流感席卷全球。5月20日，臺灣“流行疫情指揮中心”宣布出現首例甲型H1N1流感確定病例。隨后在八、九月間，臺灣H1N1甲型流感感染人數暴增至數萬人，一度引發民眾的恐慌。11月1日，臺衛生主管部門率先開始給“八八水災”的受災民眾接種H1N1甲型流感疫苗，此后，又陸續在臺灣的中小學校及公務人員中施打疫苗，到12月中旬，臺灣H1N1甲型流感疫苗接種人次已經超過370萬。