5月20日上午9點，馬英九、蕭萬長正式在臺北宣誓就任臺灣地區第十二任正副領導人。馬英九當日上午11時，在臺北“小巨蛋”體育館發表就職演說，強調要在“九二共識”的基礎下，盡早恢復兩岸協商。
馬英九上任后，遏止了臺灣島內的急“獨”勢力，兩岸關系也出現了積極的發展勢頭。2005年“連胡會”五項愿景得以推動、逐步實現，從此，李登輝“戒急用忍”、陳水扁當局“鎖國”時代正式走入歷史。
馬英九當選之前曾表示當兩岸以“九二共識”為基礎后，大家什么都可以談。
馬英九就職前接受臺媒專訪表示，如果未來當選并獲連任，將以“九二共識”為基礎，與中國大陸就經濟、安全與和平及國際空間三大議題展開談判。
4月18日，馬英九接受香港媒體訪問時表示，當前急務是推動海峽兩岸民間更多的交流，并建立兩岸制度化的協商渠道。當兩岸以“九二共識”為基礎后，大家什么都可以談。
在就職演說時，馬英九表示支持“九二共識”、積極推動兩岸“三通”和“直航”，并承認“兩岸和解是必走之路”。馬英九說“我們今后將繼續在‘九二共識’的基礎上，盡早恢復協商，并秉持4月12日在博鰲論壇提出的‘正視現實，開創未來；擱置爭議，追求雙贏’，尋求共同利益的平衡點。”
作為中國國民黨方面進一步有別于陳水扁的做法，馬英九還特別提到中共中央總書記胡錦濤關于兩岸關系的談話，分別是3月26日同美國總統布什談到“九二共識”，4月12日在博鰲論壇提出“四個繼續”、以及4月29日在會見中國國民黨榮譽主席連戰時提出的“建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏”。馬英九表示，兩岸人民同屬中華民族，因此，“兩岸無論在臺灣海峽或國際社會，都應該和解休兵。”
臺灣地區領導人馬英九昨天在“ 2008年全球招商大會”開幕式致辭表示，臺灣新當局努力建立和諧社會，與大陸和平互動，臺灣有能力，也有信心重振經濟活力。
馬英九11月15日表示，臺當局正致力改善兩岸關系，兩岸氣氛已朝和平穩定發展。兩岸關系的改善，不僅對臺海雙邊有利，對亞太區域安全也有幫助。
12月11日，馬英九在臺北接受華盛頓郵報專訪時，對自己上任不到7個月來兩岸關系改善情形表示欣慰。馬英九表示，希望未來善意越來越多，惡意越來越少。兩岸只要繼續加強建立互信的氣氛，許多事情都可能發生。臺灣可以與大陸做朋友。
