上海合作組織（簡稱“上合組織”）成員國元首理事會是上合組織最高機構，每年舉行一次例會，就組織內所有重大問題作出決定和指示。自2001年以來，元首理事會已舉行了11次會議。
2001年6月15日，上合組織成員國元首理事會首次會議在中國上海舉行。會上，六國元首簽署了《上海合作組織成立宣言》，宣告上合組織正式成立。
2002年6月7日，元首理事會第二次會議在俄羅斯圣彼得堡舉行。六國元首簽署《上海合作組織憲章》《關于地區反恐怖機構的協定》《上海合作組織成員國元首宣言》等三個重要文件，為上合組織的機制化和法律化建設奠定了基礎。
2003年5月29日，元首理事會第三次會議在莫斯科舉行。會上，六國元首討論了在新形勢下如何抓住機遇、應對挑戰、加強協調、擴大合作、促進地區和平與發展等重大問題，并達成廣泛共識。六國元首還簽署了《上海合作組織成員國元首宣言》。
2004年6月17日，元首理事會第四次會議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。塔什干峰會標志著成立三年的上合組織正式結束初創階段，進入了全面發展的新時期。會上，蒙古國被吸收為上合組織觀察員。
2005年7月5日，元首理事會第五次會議在哈薩克斯坦首都阿斯塔納舉行。六國元首簽署了《上海合作組織成員國元首宣言》等重要文件，并決定給予巴基斯坦、伊朗、印度觀察員地位。
