當地時間9月9日夜，數千名埃及示威者沖到以色列駐埃及使館前，要求驅逐以色列駐埃及大使，斷絕兩國關系。抗議者砸毀并推倒使館樓前新修的防護水泥墻和護欄，一些人則沖進位于居民樓17層的以色列使館倉庫內，搶走大量絕密文件和檔案，并把以色列國旗換成埃及國旗。埃及軍警及時介入，救出被困的6名以色列外交官。埃及內政部長伊薩維宣布開羅進入安全警戒狀態，要求警員對抗議者保持最大限度克制，以防事態擴大。埃及過渡政府總理謝拉夫率領內閣“危機處理小組”成員赴埃及武裝部隊最高委員會開會，商討和研究對策。
埃及衛生部10日公布的最新官方數字顯示，在這次事件中，共有3人死亡、1049人受傷。10日凌晨，以色列派軍用飛機接回駐埃及大使及其家人，被營救的6名以色列外交官以及滯留在埃及的60多名以色列公民也搭乘同一軍用飛機撤離開羅。
以色列總理內塔尼亞胡10日譴責沖擊事件，他同時感謝埃及政府救助被困的以色列外交官。事發后，內塔尼亞胡第一時間打電話給美國總統奧巴馬，要求幫助。以色列國防部長巴拉克也呼吁美國向埃及政府施壓，同時制定了包括武力解決選項在內的各種方案。
沖擊以色列使館事件與埃及國內局勢的演變息息相關。事發當天下午，埃及再次爆發大規模示威游行，至少數十萬人來到位于市中心的解放廣場，呼吁政府替8月18日被以軍打死的數名埃及士兵復仇，然后，他們“移師”以色列使館，釀成沖館事件。埃及輿論認為，沖館事件是埃及在穆巴拉克下臺后民族情緒持續高漲的進一步表現，顯示了埃及民眾對以色列的仇視乃至對美國的抵觸和不滿。
這是埃以1979年簽署和平條約以來，兩國間發生的最嚴重外交危機，其影響勢將波及整個中東地區，甚至牽動包括美國在內的各方神經。事發后，奧巴馬當即表示擔憂，要求埃及政府保護以使館安全。美方還表示，美國正在采取措施幫助穩定局勢，避免出現更多暴力。俄羅斯外交部10日表示，俄方對以駐埃使館發生的嚴重沖突事件深表憂慮，呼吁有關方面保持克制，避免緊張局勢進一步升級。
