據臺灣《聯合報》報道，“臺日”簽署漁業協議，馬英九表示，協議的真正關鍵，在適用海域涵蓋近7萬平方公里，約近兩個臺灣那么大，這一區域的距離，若只以臺灣作為基點，是構不到的。這是否代表協議內涵臺灣對釣魚臺“主權”的主張，馬英九表示，海洋法是陸地決定海洋，沒有“主權”哪來漁權？
馬英九說，他贊同臺大法律系國際法教授姜皇池投書媒體有關漁業協議的論點。姜皇池指出，以協議的適用海域觀察，法律上或可解釋成日本已在雙方協議中，默認臺灣是釣魚島“主權”的爭端方。
馬英九提出東海和平倡議后表示，在釣魚島問題，臺灣堅持擱置爭議、和平互惠、共同開發，當時他呼吁日本應承認爭議的存在，才可能和平解決釣魚島問題。
馬英九指出，在漁業協議中，漁民作業水域增加4530平方公里，這其實才一點大，但關鍵在于協議涵蓋近7萬平方公里。以前臺灣漁民去這片海域捕漁，或多或少會受到日本干擾，他上任后情況好了一點，日本已不扣臺灣漁船，頂多來騷擾一下，但現在連騷擾都沒有。
他說，臺灣馬上要再和日本商談，毋需開預備會議，因為雙方已設了經常性的漁業委員會。
馬英九表示，漁業協商不只現任安倍首相支持，前任首相野田也支持，這一區域本來就是臺灣傳統漁場，日本琉球漁民很少來。
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