根據最新一期《壹周刊》報道，李登輝與臺聯漸行漸遠，李的多年老友透露，原來李登輝打算將“李連教育基金會”轉型籌設紀念圖書館，2月間找兼任基金會董事長的臺聯黨主席黃昆輝商量，黃卻拒絕交出基金會，并向李說，金融風暴投資失利，基金會買股票賠了一大筆錢，本金1.7億元（新臺幣）只剩下5千多萬元，氣得李當場說不出話來。
針對《壹周刊》報道，黃昆輝上午10時45分召開記者會說明。
根據最新一期《壹周刊》報道，李登輝5月中旬率大批媒體下鄉，17日夜宿臺南，與媒體座談語出驚人表示“我與臺聯沒有關系”。當晚，臺聯黨主席黃昆輝還不請自來，但李反應冷淡，兩人30多年交情生變傳言不徑而走。
李登輝多年好友透露，李、黃二人關系決裂的導火線，在于由李登輝捐助成立、黃昆輝擔任董事長的“李連教育基金會”，原本基金總額達1.7億元，卻因黃拿去買股票慘賠，只剩下5千多萬。
知情人士說，李連教育基金會資金縮水，李登輝雖氣，也已打算認賠，就以基金會剩下的錢來運用，要黃昆輝交出基金會。但黃卻不置可否，還說當初捐助基金會的1.7億是國民黨的，不是李想要變更就可以變更。黃還表示，必須先把基金會清算結束后，才能與其他基金會或單位合并。氣得李根本就不想再理黃昆輝。
李登輝心知黃有意拖延，基金會難收回來了，至此不愿再與黃有任何牽扯。也才有后來對媒體的宣告“我本身和臺聯沒有直接、任何的關系”。
李連教育基金會現任董事、前“考試院長”許水德受訪證實，基金會確實投資股票虧錢，“原本1.7億元的基金，之前了解時大概剩下7、8千萬元。”但許也表示，基金會一年開會兩次，最近并沒有開會，所以董事們不了解基金剩下多少。
李登輝的老友說，李近幾年想要成立紀念圖書館的構想逐漸成熟，日本建筑大師安藤忠雄也已應允為其設計建物。年初“大選”后，李登輝籌辦紀念圖書館的動作轉趨積極，需要經費；因此才想將1996年捐助成立的李連教育基金會轉型，做為成立圖書館的基金會。
與其劃清界限
