馬英九17日提出洽簽“兩岸和平協議”的構想，遭到綠營全力“炮轟”。據臺灣《聯合報》報道，李登輝稱，馬英九忘記臺灣“主權”是2300萬人民所有，“不經‘國會’通過，不問老百姓意思，臺灣好像又回到獨裁政府”。
李登輝18日接受電臺專訪稱，“大家應該出聲反對，（馬）不要用這種方式一步步來騙老百姓”。李還批評，馬英九并未說清楚“兩岸和平協議”目的在哪？要怎么做？
臺“獨派”大佬辜寬敏抨擊稱，馬英九若連任，將會加速“終極統一”，馬說任內不和大陸談“統一”，問題是馬并非用“談”的，而是用“做”的。
呂秀蓮18日接受電視專訪稱，兩岸若要簽和平協議，須先進行公投，得到全民支持，此外也要在國際監督下，簽署“國際和平條約”，而非“國內和平協議”，否則等于完全放棄“主權”。
民進黨發言人陳其邁稱，“兩岸和平協議”類似中程協議，馬已啟動“統一時間表”，并改變臺灣現狀，“對臺灣非常危險”。“臺聯”主席黃昆輝稱，馬執行的就是“統一進行式”。
另據香港“中評社”報道，對于綠營對“兩岸和平協議”種種的質疑和指控，親民黨秘書長李勝峰認為，綠營根本就是“逢中必反”、“逢統必反”和“逢馬必反”，只是“臺獨”八股制式回應，“根本不值得一評”。
