外界傳出馬英九辦公室有意將“機要費案”解密，陳水扁發布新聞稿表示，此舉涉及司法權能否審查臺灣地區領導人的“統治行為”，以及新任領導人能否隨意解除前任領導人所核定之機密資料的“憲政”問題。
馬英九辦公室人士晚間表示，新任領導人能否隨意解除前任領導人所核定的機密數據，現在已經積非成是，這樣的問題不但是假議題，更是誤導大家。
馬英九辦公室人士說，如果有一個領導人作了見不得人的事情，只要他把相關文件核定為“絕對機密”，是否將來沒有任何人可以解密，這樣的結果很荒謬。領導人必須聽司法的，不是司法要聽領導人的。
馬英九辦公室人士說，按照“機密保護法”規定，其它機關需使用機密者，應經原核定機關同意。馬英九辦公室可以同意特偵組使用機密，同意以后就是司法的事情。面對案件的審查，司法不需要停下來，本來就可以審理案件，只要遵守“法令規定”就可以。（高大林）
