自從2007年12月4日，主辦單位開放公民上傳影音提問網站，到截止日期為止，一共累積了456則公民影音提問。主辦單位從中選出20則問題，并經電話聯絡確定這20位公民都將出席2月24日公民提問電視辯論會，針對候選人的回答，進行現場追問。
主辦單位邀馬謝兩陣營代表進行兩次協商之后，敲定2月24日的辯論規則、進行流程。整個過程時間2小時45分鐘，公民提問與追問所占比重最大，長達120分鐘。考慮題目的類型、提問人所在地區，主辦單位在力求公平的原則下，排定提問與追問順序，謝、馬兩陣營也表示尊重主辦單位的決定。
20位公民的影音提問和現場追問順序為：蔡孟珊、陳淑玲、曾啟尚、羅朝勛、朱幸一、袁碩成、鄭秀娟、潘翰聲、王淑貞、鄭智偉、蘇建和、黃麗華、黃子魁、朱翎嘉、陳志人、范博淳、陳紹元、林明治、林福來、黃群珍。
依據抽簽結果排定，1至20題的單數題目，由謝長廷先回答；雙數題目由馬英九先回答。1至10題提問、追問完之后休息10分鐘。11至20題提問、追問完后之后，直接進入下一階段候選人交互詰問。
而根據主辦單位排序影音提問1至10題內容屬性依序是財政、經濟、農地、農業政策、產業、產業、土地復育、環保、人口、性別，11至20題內容屬性依序是人權、教育、城鄉教育、外務、兩岸、定位、文化、族群文化、其它、其它。“其它”部分，主要詢問候選人對于過去的貪腐集團要如何處置，如果家人貪污，會怎么做，另外，要請候選人說出對手的3個優點。
20位公民2月23日上午在公共電視集合，接受主辦單位的“追問技巧”訓練，掌握發言時間，并且熟悉攝影棚轉播作業，這20位公民彼此也是首度見面。主辦單位安排20位公民23日上午10時30分在公視A棟大廳將一起亮相，接受媒體采訪。（高大林）
