在臺商積極赴大陸投資及大陸當(dāng)局不斷向臺灣招商動之際，以財經(jīng)見長的蕭萬長經(jīng)與島內(nèi)企業(yè)財團領(lǐng)袖會商后，決定籌組兩岸共同基會，推動及研究兩岸建構(gòu)共同市場，盼能為兩岸政治的和平、統(tǒng)合奠定基礎(chǔ)，并期待兩岸基金會成立后，能對兩岸日益頻繁的經(jīng)貿(mào)往來做出貢獻(xiàn)。 

       蕭萬長卸任“行政院長”后，積極鼓吹兩岸共同市場概念，并展開游說企業(yè)界捐款，結(jié)合臺灣包括臺積電董事長張忠謀、統(tǒng)一企業(yè)集團總裁高清愿、國泰人壽童事長蔡宏圖以及新光集團的吳東進(jìn)、吳東亮等人于2001年3月共同籌組成立“兩岸共同市場基金會”。盡管臺灣經(jīng)濟不景氣，蕭萬長還是集合了包括自己在內(nèi)的20位捐助人，每人捐款新臺幣500萬元，成立規(guī)模1億元的兩岸共同市場基金會。

       該基金會是民間組織，不是官方機構(gòu)，也沒有政黨色彩，并將基金會定調(diào)在研究論壇的角色，是研擬“兩岸共同市場”這個經(jīng)貿(mào)機制，具體運作的規(guī)范與互動模式的研究單位。

　　與海基會的區(qū)別

       海基會是“政府”指定的機構(gòu)，是與對岸做對口的單位，是與對岸對等的機構(gòu)；基金會則只鎖定兩岸共同市場，為研究、推動的議題，因此，性質(zhì)上是完全不同的兩個單位。